Hola,
Tener la segunda partición en ext4 mejorará muchísimo la velocidad de lectura y escritura frente a fat32. También se gestiona mejor el espacio disponible en ext4, ya que las unidades de asignación son mucho más pequeñas.
Para entender esto, imagina que eres un cartero (--> eres el planificador SIO, por ejemplo). En cada casa (-->unidad de asignación) de tu zona de trabajo vive una sola persona (--> un dato cualquiera).
Ahora tienes que repartir 342 paquetes entre 53 casas no contiguas. ¿Tardarías lo mismo en repartir todos los paquetes si las casas son mansiones enormes (el caso de fat32, que tiene unas unidades de asignación enormes) o si todas las casas, aunque estén salpicadas, están dentro de un edificio muy alto?
Pues más o menos lo mismo ocurre con los datos en tu microsd.
Por otra parte, si no te gusta o no puedes hacer funcionar int2ext... ¿Por que te has decidido por link2sd? ¿Has probado el Mount2sd? Este último es casi casi como int2ext, con la ventaja de que tiene apk para configurarlo como el link2sd.
Saludos.