Ya esta solucionado!!Hay dos programas que generan la notificación sin razón o posible configuración:
Missed Call
Beautiful Widgets (Pack2)
Este último me sorprendió bastante. El missed Call te permite configurar el led del trackball tanto para llamadas como sms. En cuanto lo configuras para sms notificación al canto cosa que es normal. Pero lo que más me ha mosqueado ha sido el beautiful widget. Si alguien le pasa ya sabe...
Un saludo