Lo único "malo" que tiene es que te quedas sin garantía si lo tienes que mandar al SAT para arreglarlo si se te rompe o quieres repararlo, aunque normalmente puedes devolverlo a su estado original (sin Root, ROM original, etc) antes de mandarlo con el mismo programa que has usado para el Root u otras formas.
En cambio, ganas poder hacer copias de seguridad de tus apps, fotos, ... Y hacer muchas cosas más que no trae el nexus 4 de fabrica ni ningún otro teléfono.
Yo también tengo un nexus 4 y te recomiendo que lo rootees y lo disfrutes al 100%