Problema solucionado
no he tenido que reinstalar el Smart Launcher Special, al pulsar sobre el icono de acceso directo que daba problemas sale la opcion de añadir más accesos directos, he vuelto a reañadir los que daban error y problema resuelto(borrando los problemáticos, claro), es como si al pasar de GB a JB la ruta de los accesos fuera distinta y por eso no funcionaban, gracias a VIRUEL por sus respuestas y espero que si alguien tiene el mismo problema esto le sirva de ayuda.
Un saludo.
