Pues si no te entiendo mal, se conserva todo lo funcional e importante de la rom y aveces pues tenemos roms que quitan muchas cosas que no valen para nada y otras veces(la mayoria) aportan nuevas cosas que las estock no tienen. Las unicas
roms que pierden las funcionalidades del spen y demas son las basadas en android puro.
respecto a lo de usar la memoria externa como sd, si necesitas algun kernel que permita esa opcion. Saludos