Bueno chicos, problema resuelto.
He flasheado el móvil 2 veces, una desactivando la casilla EBR1 para dejar las particiones de origen en la memoria del teléfono, y luego otra vez con la casilla EBR1 activada, para prepararlo para la JB de Bruno v.1.1 R2.
Luego he instalado la ROM como siempre, y perfecto. El almacenamiento ahora se me reparte entre la tarjeta SD que antes no reconocía, y los 2 gigas y pico de memoria interna para instalar aplicaciones.
No se si habrá salido bien por esto que os comento de flashear 2 veces, pero cogí la pista-información de este texto:
"Necesitas el CWM Recovery (sin unificar memorias; para ello des-selecciona la casilla de EBR1 en el flashtool) para instalarla con "install from sdcard", una vez instalada le das "reboot system now", te preguntará si deseas mantener el recovery actual CWM, si le dices que no te instalará el de fábrica y tendrás el teléfono 100% legal para temas de garantía."
viene en:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=630521
Espero que ayude a alguien con problemas similares, lo pegaré en otros hilos en los que he intervenido.
Creo que debería indicarse aún con más énfasis lo de que NO SE DEBE INSTALAR EL PARCHE DISABLE_SD_CARD.ZIP con las versiones actuales de Bruno. Yo la cagué mucho por esta tontuna.
Gracias y un saludo a todos.