Cuando yo y los testers acabemos de realizar las pruebas, subiré la V6.4:

-Añadida la creación de archivos Log por apk en los pasos de compilado y decompilado, así poder ver todos los errores de la apk que falla en un archivo de texto, esos logs, se borran al ejecutar de la decompilación o compilación, así no tener que pensar en limpiar las carpetas. Los logs se encuentran en ApkTool/Logs/" Muchas gracias a @gesala de http://www.gnulinuxvagos.com pues sin el esto no sería posible.
-Añadida a "petición" de @danyh, la opción de compilar las apps de system con el AndroidManifest.xml para los que quieran modificarlo, algunas apks no quedarán funcionales con esa opción, utilizar la opción del Manifest original.