El backup de la efs es meramente de respaldo, contiene datos de ese móvil especifico. Por si algo llegará a salir mal...
No es obligatorio que lo hagas, es precaución.
Solo puedes lograr hacer un backup de esta carpeta siendo root, ya que esta carpeta está dentro del dispositivo
Sobre los wipes:
El wipe caché, creo que ya te lo dice el nombre, borra los datos de caché del móvil.
El wipe data es el reset de fabrica.
Hazlo a ambos.
Un saludo
Pd: Si vas solamente a hacer esos wipes no te preocupes por la efs.