Foneras, ese es un bug que tiene la rom. Ya hemos hablado mucho de él. Tiene una solución muy muy fácil.
Cuando tengas una perdida, NO pulses el icono de llamada cuando tenga el numerito encima.... En su lugar simplemente despliegas la barra de notificaciones, te vas a las llamadas perdidas y, al salir, ya ha desaparecido el numerito y todo está perfectamente operativo.
Si usas otro laucher tampoco ocurre.