En primer lugar bienvenido al foro compi.
En segundo lugar puedes pasar pos este hilo donde explican algunas cosas para los que empiezan con el S3.
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=419406
A las preguntas que haces, te respondo:
1- Para flashear una custom rom, no hace falta que antes vengas de ninguna Stock. Simplemente deberás hacer los wipes pertinentes (wipe data, wipe cache, factory reset) e instalar la ROM elegida.
2- El contador de flasheos indica que le has instalado algo al móvil que no es Oficial, solo sirve para esto. Si algun dia lo quieres dejar a 0 hay tutoriales para ello.
Y para lo demás, leer los temas con chincheta donde hay mucha información
