Pues sinceramente, ni idea, jejejej.
De todos modos, comento mis avances.
Antes, cambiaba dos iconos por los que me gustaban en el dock (mensajería y contactos, por cámara y reloj) y al reiniciar, aparecían solo los de teléfono y aplicaciones, es decir, me quitaba los que yo había puesto y se quedaba el dock con solo 2 iconos.
Ahora, he reinstalado la rom xxkqn y le he hecho todos los wipes + todos los formateos posibles y como luego no arrancaba he vuelto a flashear la rom y ya me ha arrancado como de fábrica.
Ahora coloco el dock como me gusta y al reiniciar, me vuelve a aparecer con los que trae de fábrica...en vez de dejarme solo dos... Hombre, es un cambio, pero no el que yo buscaba
EDITO:
Vale, efectivamente es cosa del touchwiz. He leido que se soluciona deodexando, pero ahora no encuentro nada para deodexar la KQN. Lo mas que he encontrado es en un foro la app del tw, dicen en el hilo que para la kqn, pero no se instala en el movil. Ni siendo root, ni con fuentes desconocidas, ni na de na. Vaya royo.