Intenta lo siguiente:
Aunque tengas el touchflo3d activado en el hoy, desactiva y haz ok. Vuelve a entrar, activa y haz ok.
Lo segundo es buscar en la carpeta windows el archivo manila.exe. Si lo encuentras, haz click en el. Si no hace nada vuelve a ejecutarlo pero con el touchflo3d desactivado del today.
Luego dime que te aparece en la carpeta \windows\inicio
Igual algun programa está limitando la funcionalidad del touchflo.
Y si eso no basta, probablemente algo se ha comido encima de la versión del touchflo. Si puedes prescindir, intenta desinstalado lo que hayas instalando uno a uno, y mira si alguna aplicación impide el funcionamiento del touchflo.
¿Has copiado archivos directamente en Windows? ¿Algun tema tal vez?