Para desrootear te metes en la aplicacion de superSU y en las opciones y viene lo de desrooteo completo que borra todo rastro de la app, pero yo te recomiendo que una vez te hagas root lo dejes asi, tienes mas ventajas siendo root que no siendolo y ademas si tienes que llevar el movil al sat o lo que sea con hacer lo que te he dicho no tendrias problemas.
Las modificaciones no se pierden, pero las app que necesitan ser root no te funcionarian luego.