Te puedo asegurar que el apktools da fallos al menos hasta la version que habia la semana pasada si hay alguna nueva no se, al compilar depende que systemui y de que base, si no te le crees prueba y lo ves, te descompila el systemui con errores y al compilarlo te da fallo aunque no halla modificado nada, tienen que adaptar el apktools para poder usarlo.
