Aunque no soy amigo de Apktool y similares (prefiero hacerlo manualmente, para saber lo que hago y como)
Te diré que en el log que cuelgas, te dice claramente donde está el error y no tiene que ver con lo que dices.
Si te digo como solucionarlo, flaco favor te hago, mejor te digo por donde buscar y veras que gratificante resulta, solucionarlo por uno mismo.
Revisa dependencias y antigüedad de dos archivos en particular, que no están en Apktool (esto dando por hecho que java y su configuración es la adecuada).
