Has probado pasar apps a la tarjeta sd y ver el espacio, confirmar que en efecto moverlas a la sd las mueva a tu tarjeta sd extraíble de 4gb? Por lo que comentas es posible que la "tarjeta sd" sea en realidad la memoria interna de 5+gb. La memoria externa de tarjeta sd te quedaría para documentos y demás.
En almacenamiento de sistema supongo que deja datos internos de las apps (/data, /dalvik-cache y librerías) más las apps que no muevas a la "tarjeta sd".