EL unistall por seguridad mejor que sea el mismo que la version instalada.
Lo otro lo respondí hace uno o dos días. Las nightlys quitan todo lo de /system para meter lo que lleva el zip nuevo. A no ser que uses cyandelta (y esto es un poco lotería por que según que actualice puede eliminar parte también del CB).
Obviamente si cambias de ROM a otra distinta que no conservas ni el kernel ¿crees que conservara un simple MOD? y mas si al cambiar de ROM se aconseja hacer mínimo los wipes para borrar todo.
