Pues no lo sé, la verdad.
Hay foreros que ya lo han preguntado en otros hilos y creo que solución no hay.
Si te digo la verdad, yo uso Titanium para estas cosas, pero claro hay cosas que no restaura, entre ellas las que tu comentas de sonidos, iconos, etc.
Para lo del wifi, al iniciar de nuevo la rom y conectarte a los servidores de Google te restaura puntos wifi.
Para lo de los escritorios puedes hacer un backup de tu launcher, y después restaurarlo.
Si te digo lo que yo hago es restaurarlo todo de nuevo, pueden darme unas 4 horas poniendo a punto mi móvil, a mi gusto. Es un coñazo, la verdad, pero me aseguro que no tendré ningún conflicto a posteriori.
Saludos.