estás hablando de dos cosas distintas.

Una cosa es instalar una RUU y otra instalar una custom rom.

La RUU reescribe todo y no te puede quedar nada de la configuración de la rom que tuvieras anteriormente.

Una custom rom, haciendo todos los wipes, factory reset y demás, en teoría tampoco te deben quedar restos de la anterior.

¿qué recovery usas?, ¿qué rom tenías y cual has instalado?, cambiaste kernel, etc, cuantos más datos des mejor te podremos ayudar.