Lo del Atrackdog es debido a que están instaladas en /system/app en vez de /data/app. Con hacer unos symlinks debería solucionarse.
Los FCs que comentais del Opera y demás, son como ya dije también por estar instalados en system.
La razón de hacer el "app2sd" de esta forma fue para evitar el tener que particionar la SD. Investigaré sobre si realmente hay una diferencia en el rendimiento. Por permisos no deberían dar problemas ya que no son ejecutables binarios y en el /app solamente se almacenan .apks.
De momento lo dejaré así para no complicar aun más la tarea a los nuevos...o si tengo tiempo y ganas saco un patch para aquellos que deseen usar ext2.
@Maverix: pinta bien tu recovery. En cuanto tenga un poco te tiempo lo testeo! ;)
@o
rixe: me ha sido imposible reproducir el "error" que comentas. ¿podrías dar más detalles? Me parece muy extraño porque en esta BETA no hay absolutamente nada eliminado de la ROM original (solo footprints)...como no sea que el cambio de ubicacion de /data/app influye en algo.... :S
Aviso: la ejecucción de las aplicaciones desde la SD no está basada en el método app2sd que he visto en otras ROMs, por lo que programas relacionados con app2sd (si es que lo hay [no he mirado mucho la verdad] posiblemente no funcionen.