El whatsapp tiene justamente una opción de Popup que con los mensajes te muestra una ventanita. Cuando esta apagado se enciende para la ventanita.
Para notificaciones en general tienes NOLED que te muestra una pantalla en negro con el iconito de la aplicación. De todas maneras este tipo de aplicaciones nacen para gente que no tiene LED de notificaciones :S
Un saludo
