Si no recuerdo mal, y como propietario de un Montecarlo hasta que me hice con el Daytona, el flash LED se perdía al instalar una ROM ICS o JB porque Qualcomm no liberó ciertas libs... Con lo cual el rooteo no tiene que ver...
Realmente el rooteo no tiene que ver con esas cosas, ya que el rooteo sólo te añade el archivo y comando su en /bin y unas modificacones busybox y el superuser... No toca ningún lib ni gaitas... Con lo cual, al rootear no se pierde nada. no te preocupes. Como mucho puedes perder el terminal si no lo haces bien. Aunque aún no se ha dado el caso de la persona que se ha cargado su daytona rooteando. O al menos que yo recuerde.