Vale, ya esta arreglado, el fallo lo he solucionado, comparando muchos updater-script (en concreto de las Roms, Total Xperia, SSRom y eXperience ROM) y he modificado las lineas de montaje, y he puesto el update-binary de Total Xperia 3.2 y funciona cwm.
Dejo arriba, el updater-script funcional, para que vean la diferencia.