Soy un poco lerdo en esos temas, así que si me equivoco que alguien me corrija, pero para rootear hay que abrir el Bootloader, y para eso se ha de formatear la memoria, con lo que te tocará reconfigurar. Una vez lo tengas ya rooteado cambiar de ROM's es bastante más sencillo y puedes restaurar la configuración del móvil gracias a Titanium Backup y similares. O sea, que solo tocará reconfigurar una vez, al rootear por primera vez.
Lo dicho, si he dicho alguna burrada (que no me extrañaría) que alguien me corrija.