Algunas aplicaciones como kernel tuner y system tuner crean script en init.D
De ahí que cuando vayas cambiar de kernel para prevenir fallos en arranque suelo borrar datos de la aplicación y los script que crean(para que el nuevo kernel no arranque con la configuración del anterior kernel).
Puede que al reiniciar con system tuner vuelva la configuración del kernel por defecto.
As de entrar en la opción boot y marcar lo que toques dejando la opción completar en boot ó init.d. Esto es para que te mantenga los cambios si reinicias.
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