Buenas minvalan,
Yo lo que haría:
- Un backup completo con Titanium.
- Copias el backup al PC.
- Formateas la tarjeta SD (Se te formateará el almacenamiento usb)
- Formateas el almacenamiento USB (Al darle a la opción, se formateará la tarjeta SD)
- Pegas la copia de Titanium a la SD (que al estar cambiado, será USB)
- Resturas todo..
- Fin

La rom no se te va por formatear ninguna de las dos memorias, el root y el archivo vold.fstab están en la memoria interna por lo que mientras no hagas wipe data no habrá problema
Un saludo