Hola, llevo poco por aquí, pero me ha parecido leer que a algunos les ha ocurrido, y si no me corrige nadie, tengo entendido que tienes que instalar el boot.img de la rom que hayas instalado a posteriori, aunque tambien puede influir el recovery que tengas instalado, para cada versión de android al parecer existen incompatibilidades con los diferentes recovery.
En este hilo me lo comentaba Anuviss, echale un vistazo a ver si te aclara algo.
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=608489&page=2
En este otro hilo comentan lo de instalar el boot.img, para por ejemplo volver de JB a ICS.
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=620583