Al hacer la salvaguarda debes tener el cuidado de hacerla sobre el "almacenamiento interno". Al flasear no se pierde la información de este entorno.
Una vez instalada la nueva ROM, vuelves a ejecutar el programa pimbackup y le dices "restore", buscas donde está la información que antes salvaste y automáticamente te coloca los mensajes y todo lo que hayas antes guardado en su sitio.
Es muy intuitivo por lo que no tendrás ningún problema.
Animo y suerte