Del listado que has puesto, la más actual es la RC4. Fíjate en los nombres se forman de la siguiente manera:
cm-10.1-20130416-EXP
CM: de CyanogenMod
10.1: versión de cyano.
20130416: fecha de publucación/creación de la ROM
EXP: tipo de ROM. En este caso EXPerimental, pero puedes tener nightly...
De todas formas, lo mejor es que vayas a la página de cyano:
http://get.cm/?device=galaxysmtd
El enlace que te he puesto te mostrará todas la que hay ordenadas de MÁS modernas a MENOS modernas.
En cuanto a lo del borrado de aplicaciones, depende de los wipes que hagas. En principio, si haces wipe de la cache y la dalvick, no te borrará nada de lo que tengas instalado.
OJO: lo que no tengo claro es que se pueda pasar de la 10.0 (android 4.1) a la 10.1 (android 4.2.2) sin hacer una instalación desde cero (odin, JVU...)
