Hombre, eso es normal si el Root que hiciste es desde Chainfire (por ejemplo), es decir, es un root aplicado a un kernel stock. Pero no hace falta dejar de lado las actualizaciones oficiales para ser Root, hay Custom Kernels que vienen pre-rooted y no te hacen perder las actualizaciones oficiales y te ofrecen el root (De ahí el nombre de "Pre-rooted"). Te pondria el link pero no se si esta permitido, soy bastante nuevo en el foro y no he mirado por ahora las normas asi que te envio un privado.