Bueno, pues muchas gracias a
Maneswaith por la pista.
Con
Root Explorer he mirado en
system/app y todas las aplicaciones tenían los permisos
rw-r--r--, excepto las que yo había trasteado, que tenían los permisos
---rwxr-x (El por qué se han cambiado, ni idea).
Así que con
Root Explorer les he puesto los mismos permisos que al resto, he reiniciado y,.... nada de nada.
Peeeeeero luego he pensado que es un widget y no tenía por qué salir de primeras, así que al seleccionar en la pantalla principal la opción de "Añadir widget", ya salía en la lista "Reloj de Tiempo" y...voilá, ya está aquí otra vez.
Así que de nuevo gracias a
Maneswaith 
Un saludo.