Tras seguir probando cosas yo solo he llegado a la respuesta, el array se debe crear de esta manera:
$i = 0;
while ($resultados = mysql_fetch_assoc($query)) {
$resultado = $resultados["nombre"];
$varArray[$i] = array("nombre"=>$resultado);
$i++;
}
Y problema resulto, el codigo java ya parsea correctamente el array con varios elementos.
un saludo