Las stock siempre funcionan, y si no les hace wipe de datos y ya van bien. Y si no funcionarán pues haces válida la garantía
Las modificadas nunca tienen garantía de que van a funcionar al 100. Tienes que esperar a que el cocinero te de apoyo, las que no estan basadas en la stock pierden muchas características del sgs4 como las que comentas y las que si estan basadas en la stock solo estan retocadas en gráficas o les quitan algunas aplicaciones para adelgazar.
Es tu decisión, en estos foros vas a encontrar mas adeptos a flashear roms porque de eso viven estos foros pero la gran mayoría de los usuarios usan las stock.