Para "quitar" una partición necesitas un gestor de particiones desde tu ordenador, donde puedes eliminar, expandir, reducir, cambiar formato,.... Sería posible hacerlo desde adb pero es un poco engorroso.
Desde el recovery puedes formatear a capón, pero pierdes TODOS los datos, así que si quieres haz una copia de todos tus datos de la SD y formatea con la opción que más te interese, ya sea toda la SD como fat32 o fat32+ext2(para usar app2sd), luego pasa ext2 a ext3 y ya estaría lista.