Siempre hay riesgo de que algo le suceda al teléfono pero es una tarea que la mayoría hacemos y las ventajas de después son grandes, ahí ya decides tu bajo tu propia cuenta y riesgo.
Creo que para el backup de la efs es necesario ser root, no obstante echa un vistazo a esto:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=395309
Y por ultimo lo de restaurar a fabrica. Pues es lo recomendable aunque no obligatorio siempre que no sea de stock a custom o teniendo en cuenta las bases de la rom.
Lo mejor es que hagas backups ya sea con titanium o similar e incluso con recovery por si quieres volver al estado anterior.
La rom nueva se asentara mucho mejor después de haber realizado los wipes, eso seguro. Por ultimo decirte que tienes también la app Odin Mobile desde la que podrás hacer prácticamente lo que haces con la de pc pero desde el propio terminal con las ventajas que ello conlleva.