Hola Amigo
Bueno como ya se sabe algunas roms vienen con aplicaciones que uno no usara , lo que te recomiendo es que la desinstales con root explorer , obviamente debes tener rooteado el celular, la aplicacion lo unico que hace es ser un depurador , pero no afecta directamente la opcion de depuracion usb , al menos en mi xperia play la he eliminado varias veces y nunca ha pasado nada fuera de lo normal
Mucha suerte