A través del recovery. Tienes que tener previamente un kernel con recovery modificado (apolo, siyah, philz, etc). Y luego flashear el zip como siempre. Recomendables los wipes y formats previos para una instalación limpia. Hay montón de tutoriales si no tienes mucho rodaje sobre como meterle mano al tema. Te recomiendo que leas primero para que tengas en cuenta algunas consideraciones previas antes de flashear (copia carpeta EFS, nandroids backups, etc). Espero haberte ayudado
