Mira que no se te guarden las copias en la carpeta Titanium o que estén ocultas, de todas formas, yo siempre las dejo en el teléfono, así no tienes que estar guardando, copiando, borrando las repetidas etc.... Que yo sepa no hace copia de la carpeta que dices, pero aquí tienes como hacerlo de forma sencilla:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=307751
Le as dado permisos a titanium y no te deja borrarlas? Puede que algunas no te deje, pero de todas formas, si las congelas (opción cerca de borrar) es como si la borraras, pero así te aseguras de no cargarte nada, ya que si desinstalas la apk del teléfono (por poner un ejemplo) ya me dirás como llamas
De todas formas, hay roms por el foro muy buenas y ademas esta la stock 4.2.2 limpia, aunque no se como no flasheas alguna con todas las que hay, vienen mucho mas limpias que la stock que tienes.