el problema es que estas usando 2 baterías de diferentes capacidades y el móvil se queda tonto.no es que tu lo hagas mal, es que el defy es un poco delicado para las baterias.
que rom usas?
yo tengo dos baterias iguales, y un cargador de pared, cuando se me gasta una, la cambio, pongo en el cargador de pared la gastada y antes de encender el movil desde el recovery hago un wipe battery stats y cuando enciende me marca 100% y se descarga bien. mi problema es que las baterías no son originales y no marca bien el porcentaje real de bateria. se descarga hasta el 1% y en el 1% puede estar unas cuantas horas mas...
mi consejo, cuando cambies de batería haz un wipe battery stats desde el recovery y cada vez que cargues una bateria en el móvil, cuando este al 100% calibrala con la aplicación BatteryCalibration a ver si asi consigues que marque algo mejor, usando 2 baterías diferentes no creo que te marque bien del todo. saludos