A mi me ocurre algo parecido, decir que yo cambié el cable microusb por uno de un Sony poco después de tener el Nexus 4.
Cuando lo cargo encendido no hay ningún problema, carga perfectamente siempre, pero si lo cargo apagado tarda muchísimo más en terminar la carga (eso sí, la termina), no entiendo muy bien por qué, la verdad, y la parte que más tarda en finalizar es cuando el icono de batería marca que ya está casi al 100%.
Salu2!