Creo que si tienes una rom stock puedes volver a cargarle la stock mediante ODIN y no perderás nada.
Si aun así tuvieras problemas creo que deberías hacer un wipe, previamente habiendo hecho una copia con el Titanium backup para copiar las aplicaciones y sus datos, y así poder restaurarlas luego. Nunca va de más copiar estas copias fuera del móvil para asegurarte que no te las borre.
Los contactos se guardan en la cuenta de google, lo que no se guardan son las agrupaciones entre cuentas que hayas hecho en el movil, o almenos yo no se como hacerlo.
En cuanto a SMS y registro de llamadas, creo que se guardan en tu cuenta Samsung.
Los chats del whatsapp se guardan en el servidor de whatsapp, aunque no viene de mas forzarlo a hacer la copia justo antes de todo y así asegurarnos (desde el whatsapp, menú, ajustes, ajustes de chat, guardar conversaciones).
Espero servirte de ayuda, y si me equivoco en algo que me corrijan para no equivocarme si tengo que hacerlo yo jejejjee