Has probado con titanium backup ?? si no puedes desinstalar prueba a congelar, almenos no te molestara en el cajón de aplicaciones, y para instala, yo no soy partidario de meter las aplicaciones en system/App, prefiero instalarlas con el Explorador de Archivos y asi me evito el tener que reiniciar el teléfono, creo que es mas sencillo de esa manera que andar con el root explorer o el mismo Explorador de archivos cambiando el apk de carpeta.... prefiero darle a instalar, se instala y listo. Sino prueba en instalar la rom de nuevo, yo apostaria mas a que has hecho algún paso mal ya que otras opiniones dicen que funciona bien. Un saludo.