Eso es normal. El programa lo que hace es crear un link entre ambas carpetas, la de la SD y la de memoria interna. Pero sólo ocupan espacio las de la SD. Puedes comprobarlos en ajustes-->almacenamiento
Cada app se puede guardar en una carpeta diferente, pero lo normal es que vayan dentro alguna de las carpetas de Android, normalemente Obb o Data.
Con el foldermount, como te muestra el tamaño de las carpetas, es fácil localizar aquellas carpetas que realmente te interesa mover.
