El tema que decis que sale al arrancar el bote de JB y lo de inciando, eso sucede cuando ha habido cambios en el sistema y esta optimizando apks etc. Esto no deberia salir, pero depende de si se ha instalado algo que haga que esto se genere o que se tenga algun script en el arranque o que el build.prop tenga alguna linea para hacer un zipalign en cada arranque
Si se ha sado l pimp my rom por ejemplo, si hay scripts de optimize sql etc....