La diferencia puede ser más o menos sustancial dependiendo de lo evolucionado que esté el recovery de fábrica. En general, suele estarlo muy poco porque sigue la filosofía de limitar bastante el acceso del usuario al sistema operativo. Deben de pensar que se precisa un bloqueo de seguridad "anti-manazas"; lo cual es , hasta cierto punto, comprensible.
La diferencia fundamental es que el stock recovery sólo permite instalar actualizaciones confeccionadas ex professo sobre la ROM instalada. No da opción a instalar otras ROMs distintas a la que lleva el teléfono de fábrica. Es más, en realidad, no suele haber opción a instalar dichas actualizaciones mediante el Recovery básico, ya que suelen venir en formato TAR, para hacerlo por Odin, o se actualiza vía OTA. De esta manera, el recovery básico puede quedar prácticamente limitado al factory reset y a reiniciar sistema.
Por el contrario, el CWM recovery es un instalador extendido que no precisa conexión al PC. Contempla un ramillete de opciones extra: permite instalar ROMs personalizadas y todo el desarrollo o evolución oficiosa (suele ser más flexible que la oficial); instalar desde la memoria interna o externa, hacer wipes y formateos en profundidad, conectar en modo USB para transferir archivos al teléfono y solucionar problemas de instalación/arranque, realizar copias de seguridad y restaurarlas, instalar kernels seguros (antibrick) y arrancar en sus correspondientes recoveries,...