Ya he encontrado (creo, he???), la solución en cuanto a la re-compilación corrupa de los archivos que nos da error de busqueda al decompilar.
A continuación los pasos que he seguido (personalmente), hasta resolver el problema
--Decompilación--
Básicamente seguir los pasos del post (
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=566969).
Y aquí, cuando recien escribamos el comando (apktool d xxxxxxx.apk), es cuando veremos el momento en el que pueden o no aparecer los errores (es decir, aqui es donde los errores aparecerán, salvo que tengas suerte y el archivo que comiences a decompilar no produzca errores de lectura durante la decompilacion).
Entonces mi solución al rudimentaria, pero parece que efectiva al 100%100% es hacer lo siguiente:
Tomes como ejemplo la decompilacion del "SystemUI.apk", previamente con los archivos framwork-res/twframework-res cargados para poder leer los demás directorios y archivos.
Por lo menos a mí, cuando decompilo dicho archivo me aparecen los errores de busqueda de los archivos:
tw_quick_panel_off
tw_quick_panel_on
tw_quick_panel_list_bg_f
tw_quick_panel_list_bg_n
tw_quick_panel_list_bg
tw_quick_panel_notification_panel_divider_1
tw_quick_panel_notification_panel_bg
tw_quick_panel_quick_setting_button_bg_normal
El resto lo decompila sin problemas.
Pues bien, para solucionar esto lo que hice fue (bueno, despues de modificar lo que desee dentro del archivo, por ejemplo los .xml), pues volví a compilar (sin hacer cambios en los png erroneos, solo los .xml), y listo.
Luego abrir con ayuda del WinRAR u otro descompresor el SystemUI.apk original y por otra parte abrir en otra ventana el SystemUI.apk recien decompilado y compilado con las modificaciones .xml y los errores de busqueda y que por lo tanto se guardaron corruptos los PNGs.
Me situé en la ventana de SystemUI.apk (WinRAR) recien compilado y empezé a buscar y eliminar los archivos que hacía referencia en los resultados que me arrojó MS-DOS durante la decompilación. Después, una vez he borrado todos los archivos que no logró encontrar según linea de comandos y que se guardaron erroneamente (esto puedes comprobarlo con tan solo verificar el peso de los PNGs originales con los del SystemUI re-compilado), y seleccioné los mismos pero esta vez en el SystemUI.apk original y los arrastre de esta ventana del WinRAR a la otra del SystemUI compilado y los añadi y volvi a comprimir en modo normal el paquete SystemUI compilado. Y listo.
Con esto, quedó el archivo reparado.
Espero que se me haya entendido, ya que lo espliqué muy rápido y sin tener orden jajaja.