La copia de seguridad de un S3 a otro S3 si se puede restaurar sin problemas. Ojo! De S3 a S3!
Respecto a tus configuraciones de la rom, se perderan, la unica forma de no perderlas es hacer un backup ( las apps si se pueden restaurar, usa titanium backup ) Respecto a limpiar el movil lo que se hace es todos los wipes, y eliminar basura de tu sd dejando lo que necesitas realmente. Para flashear roms, haz siempre los wipes para prevenir incompatibilidades entre rom y rom, asi tendras el movil mas limpio.
Saludos!