Quizás puedas acceder a las particiones internas con el toolkit si llega a reconocer el dispositivo como adb (que supongo que si, porque si te deja copiar los datos de la memoria interna mientras arranca...), pero a partir de ahí ya no se como habría que operar. Incluso puedes explorar las opciones de backup del toolkit, lo mismo te soluciona el problema, pero si no tienes root, no se que se podría hacer. Para la próxima hazte copias con Titanium Backup, que yo también tuve que pasar por reinstalar todo, al final no fué tan horrible como pensaba.