pues los mkv que he visto en mi note (casi siempre alguna serie en 720p) no me han dado nunca fallo. Siempre uso MX Reproductor, para mi es una maravilla lo de subir y bajar volumen y brillo desde la pantalla y lo rapido que va y que abre los videos.
a las malas si algun archivo no se escucha o no se ve, cambias de tipo de aceleracion de H a S y suele funcionar.