1. Siempre es recomendable seguir las instrucciones que te vengan, pero no creo que esto afecte a la batería. Lo que sí te recomiendo es que sobretodo, estos primeros días, las cargas que realices sean completas, es decir, que no lo desenchufes hasta que no llegue al 100 %. Ya te digo, esto las 3 o 4 primeras cargas. Y también te recomiendo que siempre intentes enchufarlo antes de que baje del 15 % de batería o así. No pasa nada porque en ocasiones no lo hagas, pero que no se convierta en algo asiduo, pues eso iría en detrimento de la batería.
2. Te recomiendo antes que nada que te pases por este hilo:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=357860
En él, se explican los conceptos importantes que deberías de saber, sobretodo si ahora o en un futuro tienes pensado "meterle mano" al móvil (Roms, Mods, etc...).
Un vez que te hayas leído eso, ya sabrás usar Flashtool. Aquí te recomiendo ayer instales el firmware .45 WORLD (lo tienes aqui, es el recomendado por Yakandu:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=356806). Es el firmware mas limpio de todos, y eso en el rendimiento se nota. Si ya luego te metes en temas de Root y demás, lo mejor es que limpies el bloatware (aplicaciones "morralla", que lo único que hacen es consumir recursos inútilmente), congeles aplicaciones que usas de forma esporádica, uses aplicaciones tipo Greenify para mejorar la batería, etc... Tampoco quiero liarte ahora al principio (si es que eres nuevo en este tema), pues seria empezar la casa por el tejado.
Sobretodo, lee y relee mucho las cosas, y si tras esto y tras haber buscado una explicación, hay algo que no entiendes, ya sabes que siempre estamos por aqui para resolvernos las dudas.
Un saludo.